箱根を守る会の他、次の諸団体があり、相互に協力し合いつつ活動している。
　仙石原生物同好会（昭和二十七年発足）
　仙石原中学校生物部の卒業生と在校生で組織、箱根の生物研究のかたわら、仙石原湿原植物群落の保護作業に奉仕している。
　箱根博物会（昭和三十一年発足）
　旧制小田原中学校・新制小田原高校に於て生物の松浦茂壽教諭の指導を受けた卒業生が主体となって組織、箱根の動物、植物、地質、水質等を専門的に調査研究するとともに、貴重な種の保護や環境行政について積極的に提言を行っている。
　箱根生物研究会（昭和四十七年発足）
　箱根の動植物研究を目的として結成した。ハコネコメツツジの盗採予防のパトロールを奉仕的に行い成果をあげた。ハコネサンショウウオその他の調査や保護活動を活発に行っている。
　箱根ほたる愛護会（昭和五十五年発足）
　川を守る会が中核となり河川浄化の指標であるゲンジボタルを呼びもどす活動を続けている　ゲンジボタルの採卵、幼虫の放流とカワニナの増殖放流を奉仕的に行っている。
　芦ノ湖の水利権を考える会（昭和五十五年発足）
　山紫水明を誇った箱根であるが、観光施設の増加により水の使用量が増加、経済的に有利な地下水の過剰汲み上げとなり、湧水の枯渇、温泉の水位低下を招いている。水不足を防ぐために芦ノ湖の水を利用できないか、慣行水利権に対し歴史的事実・法的根拠等を明らかにすると共に利水についてどのような手だてがあるか研究をすすめている。